Centroamérica concentra, por su geografía, una amplia biodiversidad. Sus poblaciones nativas han sido históricamente acostumbradas a convivir con una naturaleza muy exuberante y traer provecho de esta para alimentarse y curarse, practicando una agricultura muy biodiversa, en equilibrio con los recursos naturales. Con el tiempo, sin embargo, a medida que los sistemas de trabajo cambiaban, se introducía la mecanización y los mercados imponían la estandarización y masificación de la producción, se han venido perdiendo cultivos, variedades, semillas, razas de animales.
La agro biodiversidad se ha reducido fuertemente por la rápida expansión de la agricultura industrial, la producción ganadera intensiva, la pesca industrial y la acuicultura. En los monocultivos se utilizan actualmente pocas variedades de las cuales algunas genéticamente modificadas, al mismo tiempo que se crían un número limitado de razas de animales. Los pequeños agricultores, campesinos e indígenas, han sido en parte afectados por estas dinámicas.
Las comunidades campesinas, indígenas y afrodescentientes de América Central, que tradicionalmente aplican sistemas de producción diversificados, son naturalmente promotores y protectores de la agrobiodiversidad en sus territorios, por convencimiento cultural o por el simple motivo que la diversidad de productos mejor se adapta a la pequeña economía familiar y local.
